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fix ID group_id style args  

2011-04-10 16:48:00|  分类: Linux |  标签: |举报 |字号 订阅

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Description:

   fix命令用来定义一群原子。在lammps中,fix是任意的操作,一个fix是在时间步或最小化期间任意施加于系统的操作。例如:由于时间积分而重建原子位置和速度,控制温度,对原子施加约束力,施加边界条件,计算特征值等等。lammps中有众多的fix并且还有层出不穷的新fix加进来。

    fix可以在不同的时间阶段起作用。如果有2个活多个fix操作在同一时间段内起作用,他们将有input中的顺序类决定。

    unfix命令可以关闭fix命令

NOTE:unfix命令是唯一可以关闭fix命令的命令;简单地以相似的形式给定一个新的fix命令,其不能关闭前一个同样的fix命令。例如:首先使用fix nvt命令,然后使用fix nve命令,将不会删除先前的由fix nvt命令导入的nvt时间积分。因而两个时间积分都会起作用。

    新的相同的fix ID可以删除前一个fix。这与unfix命令相同。

    fix   fix_ID  group_ID   style   args

    fix_ID  :  ID of the fix
    group_ID  :  ID of the group atoms
    style  :  style  name
    args  :  argument of a particular style

Examples :
   
    fix  1  all  nve
    fix  3  all  nvt  300.0  300,0  0.01
    fix  mine  top   setforce  0.0  NULL  0.0

例如:

    fix  1  all  poems  group  set_01  set_02  set_03  set_04

解释:
   
    fix  fix_ID  group_ID  style  keyword  values

    fix_ID  = 1
    group_ID = all
    style  =  poems
    keyword  =  group | file | molecule
                    /  group values = list of group_ids
    values  =  |  moleclue values = none
                    \  file value  = filename

    将一个或多个原子团看作耦合的刚体。意思是:每一个时间步,每一个刚体的总力和总转矩都要进行计算,且原子的坐标和速度也要更新,以至于这些原子团集合就象耦合的集合一起运动。如上面的例子里,将set_01、set_02、set_03、set_04看作是一个原子团蔟统一行动,且原子团簇间的作用势是poems。


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